瘤籽黄堇，多年生草本，高50-100厘米。
主根细长，粗约1.5毫米，具多数侧根和纤维状细根；
根茎短，盖以密集的叶残基。
茎直立，粗壮，基部粗4-6毫米，具棱，多分枝。
基生叶早枯；
茎生叶多数，于整个茎上疏离互生，下部叶柄长8-13厘米，向上渐短，基部均具狭鞘，叶片轮廓长卵形，长7-10厘米，宽4-5厘米，三回羽状分裂，第一回全裂片3-4对，具长柄，第二回全裂片2-3对，具短柄，2-4深裂或浅裂，小裂片倒卵形至披针形，先端圆，具钝尖头，表面绿色，背面具白粉，上部叶较小和较少裂。
总状花序生于茎和分枝先端，长6-10厘米，有20-30花，密集，侧生花序较短和较少花；
苞片下部者同上部茎生叶，向上渐小和裂片渐减，至最上部者披针形全缘；
花梗劲直，与苞片近等长。
萼片鳞片状，轮廓近半圆形，直径1-1.5毫米，流苏状全裂，白色，晚落；
花瓣黄色，呈“v”字形弯曲，上花瓣长1-1.1厘米，花瓣片舟状卵形，先端渐尖，边缘具缺刻状齿，背部鸡冠状突起高约1毫米，自瓣片先端延伸至距末，边缘具缺刻状齿，距圆筒形，与花瓣片近等长，下花瓣舟状匙形，长6-7毫米，先端渐尖，边缘具缺刻状齿，鸡冠状突起同上瓣，但较短，内花瓣提琴形，长4-5毫米，花瓣片长圆形，具1侧生囊，爪楔形，与花瓣片近等长；
雄蕊束长4-5毫米，花药小，花丝披针形，蜜腺体贯穿距的1/2；
子房线状椭圆形，长1-1.5毫米，具少数胚珠，花柱长3-3.5毫米，柱头2裂，上端具6乳突。
蒴果圆柱形，长4-6毫米，有2-4枚种子，排成1列，成熟时自果梗基部反折。
种子近圆形，直径约1毫米，黑色，具光泽，表面密具小瘤状突起。
花果期7-9月。
