糙果紫堇，粗壮直立草本，高（15-)25-35(-50)厘米。
须根多数成簇，棒状增粗，长达8厘米，上部粗约2毫米，下部粗达5毫米，具少数纤维状分枝，根皮黄褐色，里面白色。
茎 1-5，具少数分枝，上部粗壮，下部通常裸露，基部变线形。
基生叶少数，叶柄长达10厘米，上部粗壮，下部2/3渐细，叶片轮廓宽卵形，长2.5-3（-6）厘米，宽2-2.5(-4)厘米，二至三回羽状分裂，第一回全裂片通常3-4对，具长0.3-0.8厘米的柄，第二回深裂片无柄，深裂，小裂片狭倒卵形至狭倒披针形或狭椭圆形，长0.5-1厘米，先端具小尖头，背面具白粉；
茎生叶1-4枚，疏离互生，下部叶具柄，上部叶近无柄，其他与基生叶相同。
总状花序生于茎和分枝顶端，长3-10厘米，多花密集；
苞片下部者扇状羽状全裂，上部者扇状掌状全裂，裂片均为线形；
花梗明显短于苞片。
萼片鳞片状，边缘具缺刻状流苏；
花瓣紫色、蓝紫色或紫红色，上花瓣长2.5-3.2厘米，花瓣片舟状卵形，先端饨，背部鸡冠状突起高1-2毫米，自先端开始至瓣片中部消失，距圆锥形，锐尖，长为花瓣片的2倍或更多，平伸或弯曲，下花瓣长1-1.3厘米，鸡冠状突起同上瓣，下部稍呈囊状，内花瓣长0.9-1.1厘米，花瓣片倒卵形，具1侧生囊，爪与花瓣片近等长；
雄蕊束长7-9毫米，花药极小，黄色，花丝披针形，膜质，白色，蜜腺体贯穿距的2/5；
子房绿色，椭圆形，长2-4毫米，具肋，肋上有密集排列的小瘤，胚珠2列，花柱比子房长，柱头双卵形，上端具2乳突。
蒴果狭倒卵形，长0.8-1厘米，粗约3毫米，具多数淡黄色的小瘤密集排列成6条纵棱。
种子少数，近圆形，黑色，具光泽。
花果期4-9月。
