纹果紫堇，多年生小草本，无毛，高12-18厘米。
须根多数成簇，棒状肉质增粗，长2-2.5厘米，粗1.5-2毫米，两端略狭．末端线形。
茎1-2条，不分枝，上部直立，粗1-1.5毫米，生叶，下部裸露，近基部弯曲并渐狭成线形。
基生叶少数，叶柄长4.5-8厘米，基部渐狭成线形，叶片轮廓卵形至长卵形，长2.5-5厘米，宽1.5-3厘米，三回羽状分裂，第一回裂片3-4对，具柄，第二回裂片具短柄至近无柄，末回裂片披针形、倒披针形或狭椭圆形，先端钝，具短尖头；
茎生叶2-3枚，于茎上部疏离互生，叶片同基生叶，但较小，具短柄至近无柄。
总状花序顶生，长3-4厘米，有10-15花；
花序梗平滑；
苞片下部者同上部茎生叶，向上裂片渐减，至最上部者3浅裂或近全缘；
花梗无毛，比苞片短。
花平伸，萼片鳞片状，近半圆形，不规则的深裂，白色；
花瓣淡蓝色（？），上花瓣长1-1.2厘米，花瓣片舟状，先端钝，背部鸡冠状突起高约1毫米，自先端延伸至其中部，距圆筒形，略短于花瓣片，末端稍狭，下花瓣舟状近长圆形，长0.6-0.7厘米，背部鸡冠状突起同上瓣，但较短，爪不明显，内花瓣提琴形，长约0.6厘米，瓣片倒卵状，具1侧生囊，基部两侧各具1耳垂，上半部深紫色，爪狭楔形，与瓣片近等长；
雄蕊束长0.5-0.6厘米，花药小，花丝披针形，中部宽约1毫米，蜜腺体细，贯穿距的3/5；
子房狭椭圆形，长2.5-3毫米，中部粗约1毫米，具6条纵肋，肋上有密集排列的小瘤，胚珠约8枚，排成2行，花柱细，长3-3.5毫米，先端弯曲，柱头双卵形，上端具2乳突。
果未见。
花果期7月前后。