洱源紫堇，多年生草本，高20-45厘米。
主根圆柱形，长约3厘米，粗1.5-2毫米，具多数纤维状侧根；
根茎短，被少数残枯的叶基。
茎纤细，柔弱，不分枝或具少数分枝。
基生叶数枚，叶柄纤细，长2-5厘米，叶片轮廓宽三角形，二回三出全裂，第一回全裂片具较长的柄，第二回全裂片具短柄，边缘圆齿状浅裂，先端圆，表面绿色，背面具白粉；
茎生叶3-5枚，疏离，叶柄向上渐短，叶片同基生叶。
总状花序顶生和腋生，长2-3厘米，少花，排列稀疏；
苞片下部者同上部茎生叶，向上裂片渐减，扇形，深裂或浅裂，最上部者全缘，均具短于苞片的柄；
花梗纤细，比苞片长。
萼片小，肾形，具缺刻状流苏，晚落；
花瓣红色或蓝色，上花瓣长2-2.5厘米，花瓣片舟状卵形，先端急尖，背部无鸡冠状突起，距圆筒形，长1.3-1.6厘米，末端略下弯，下花瓣长0.8-1厘米先端锐尖，背部无鸡冠状突起，具爪，内花瓣提琴形，长0.7-0.9厘米，瓣片倒卵状长圆形，先端具钝尖头，有1侧生囊，基部1耳垂，爪狭楔形，比瓣片长；
雄蕊束长0.6-0.8厘米，花药小，花丝线状披针形，蜜腺体贯穿距的1/2-3/5；
子房线形，长0.5-0.6厘米，胚珠数枚，排成1列，花柱细，远短于子房，柱头双卵形，具8个乳突。
蒴果线形，成熟时在果梗先端反折。
花果期5-8月。
