巴嘎紫堇，多年生草本，高15-25厘米。
须根多数成簇，中部狭纺锤状增粗。
茎直立，不分枝，上部具叶，下部裸露，基部线形。
基生叶数枚，叶柄长7-15厘米，叶片轮廓宽卵形，长2-4厘米，二回羽状分裂，第一回全裂片2-3对，互生，具柄，再次2-4全裂或深裂，小裂片线形至线状披针形，长1-2厘米，宽2-5毫米，先端急尖，具不明显的3纵脉；
茎生叶2枚，疏离互生，下部叶具短柄，上部叶近无柄或无柄，叶片一回奇数羽状分裂，全裂片3-4对，对生，下部裂片常再次2-3全裂，小裂片与基生叶相同，但较小。
总状花序顶生，长2-4厘米，有6-12花，密集，近聚伞状；
苞片羽状或掌状分裂，稀最上部者披针形全缘；
花梗纤细，长于苞片。
萼片半圆形，长约1毫米，边缘撕裂状，早落；
花瓣紫色，上花瓣长约1.7厘米，花瓣片舟状卵形，先端钝，背部鸡冠状突起高1-1.5毫米，自先端延伸至瓣片末端，其边缘明显具细齿，距圆筒形，劲直，与花瓣片近等长，下花瓣舟状倒卵形，长约1厘米，具鸡冠状突起，内花瓣长约0.8厘米，花瓣片先端圆，具1侧生囊，基部耳垂，爪楔形，长约3毫米；
雄蕊束长约3毫米，花药小，花丝披针形，蜜腺体贯穿距的1/2；
子房狭椭圆形，长约3毫米，花柱细，长约4毫米，柱头双卵形，上端具4乳突，两侧下端下延。
蒴果线状长圆形，长约1厘米，粗约1.5毫米，有4-6枚种子，排成1列，成熟时自果梗先端反折。
种子近圆形，黑色，具光泽。
花果期7月前后。
