石隙紫堇，多年生丛生草本，灰绿色，高约15-18厘米。
根茎长约7厘米，粗1厘米，满布肉质须根，顶端具2-4茎和多数基生叶。
茎不分枝，花葶状，无叶或具1叶。
基生叶约与茎等长；
叶柄长约10-13厘米；
叶片三出，灰绿色，下面具白粉；
顶生小叶宽卵形，具柄，约长2.5-3厘米，宽3-3.5厘米；
侧生小叶较小，无柄；
全部小叶二回三裂。
花序总状，顶生、多花。
苞片匙形，全缘，下部的较大，约长2.5厘米，宽9毫米。
花梗纤细，约与苞片等长或稍长。
花蓝紫色，平展。
萼片宽卵形，长约2毫米，多少具细齿。
上花瓣长约2厘米，渐尖，无鸡冠状突起；
距圆筒形，长约1厘米；
蜜腺体长5毫米。
下花瓣长1.2厘米，基部多少具瘤状突起。
内花瓣长约1.1厘米，瓣片长约6毫米；
爪长约5毫米。
雄蕊束披针形，长约1厘米，具中肋。
子房长圆状线形；
柱头四方形，前端具4乳突，基部具2角状突起。
未成熟蒴果长圆形，长约1厘米，宽约3毫米，具2列种子。