囊果紫堇，灰绿色直立草本，近肉质，高约15厘米。
根茎分枝，顶端覆盖有少数茎叶残基。
茎不分枝，上部具1-2叶，近基渐细。
基生叶少数，长9-10厘米；
叶柄长6-7厘米，近基渐狭；
叶片羽状全裂；
羽片5枚，具短柄，长约2-3厘米，全部羽状深裂或近二回三深裂，裂片倒卵形，约长10毫米，宽5毫米。
茎生叶与基生叶同形，但较小，长约4厘米；
叶柄长约1.7厘米；
羽片近无柄。
总状花序短，近伞房状，具10-12花。
苞片叶状，具短柄至无柄，有与叶相似的羽片，约与花梗等长。
花梗长约2.5厘米，顶端增粗。
花污白色，长约1.7厘米；
距囊状，约占花瓣全长的1/4；
蜜腺体粗短，贯穿距长的1/2。
雄蕊束披针形，长约9毫米，向上渐狭。
柱头近四方形，具8乳突。
蒴果囊状膨大，近球形，直径约2厘米。
种子8-10枚，圆形，黑亮，直径约1.5毫米。