小黄紫堇，无毛草本，高60-90厘米。
主根粗壮，长达13厘米，上部粗达7毫米，向下渐狭，具侧根和纤维状细根。
茎直立，基部粗达1厘米，具棱，通常自下部分枝。
基生叶少数，具长柄，叶片轮廓三角形或宽卵形，长4-9(-13)厘米，宽2-6 (-9) 厘米，二至三回羽状分裂，第一回全裂片具长1-2.5厘米的柄，第二回具2-5毫米的柄，2-3深裂或浅裂，小裂片倒卵形、菱状倒卵形或卵形，先端圆或钝，具尖头，背面具白粉；
茎生叶多数，下部者具长柄，上部者具短柄，其他与基生叶相同。
总状花序顶生和腋生，长5-9厘米，果时达15厘米，有（5-）13-20花，排列稀疏；
苞片狭卵形至披针形，全缘，有时基部者3浅裂；
花梗劲直，长约为苞片的1/2。
萼片鳞片状，近肾形，长约1毫米，边缘具缺刻状齿；
花瓣黄色，上花瓣长1.8-2厘米，花瓣片舟状卵形，先端渐尖，背部鸡冠状突起高1-1.5毫米，超出瓣片先端并延伸至其中部，距圆筒形，与花瓣片近等长或稍长，末端略下弯，下花瓣长1-1.2厘米，鸡冠同上瓣，中部稍缢缩，下部呈浅囊状，内花瓣长8-9厘米，花瓣片倒卵形，具1侧生囊，爪线形，略长于花瓣片；
雄蕊束长7-8毫米，花药小，长圆形，花丝披针形，蜜腺体贯穿距的2/5-1/2；
子房狭椭圆形，长4-5毫米，具1列胚珠，花柱细，与子房近等长，柱头扁长方形，上端具4乳突。
蒴果圆柱形，长1.5-2（-2.5）厘米，粗约2毫米，具4-12枚种子，排成1列。
种子近圆形，直径1.5-2毫米，黑色，具光泽。
花果期6-10月。
