青海黄堇，多年生沙生丛生草本，高（6-）8-10厘米。
主根长约10厘米，粗约1厘米，老时扭曲，顶端具少数伸长的根茎。
根茎常存地表下，长约10-12厘米，粗3-4毫米，具少数抱根茎的，长7-20毫米的披针形或卵圆形鳞片。
茎长（6-）8-10厘米，不分枝或自基部分枝，具叶。
基生叶约与茎等长或稍短；
叶柄长约4厘米，扁，基部稍呈鞘状；
叶片长圆形，长4-6厘米，宽2.5厘米，二回羽状全裂，一回羽片7-9枚，具短柄至无柄，二回羽片3-5枚，无柄，3-5深裂，裂片倒卵形至匙形，长（2-）3-5毫米，宽（15-）2-3毫米，多少具短尖，常彼此迭压或覆瓦状排列。
茎生叶与基生叶同形，上部的与苞片相似。
花序伞房状，密具多花。
苞片约长3厘米，宽1.5厘米，具扁化的叶柄，近二回三出深裂，裂片匙形或披针形，约长6-8毫米，宽2-3毫米，稍具短尖。
花梗长约1厘米，果期长约（1.5-）2-3.6厘米，顶端钩状弯曲。
花污黄色，直立，后近于平展。
萼片长约2毫米，三深裂。
上花瓣长约2厘米，瓣片宽展，具鸡冠状突起，边缘反折，顶端近圆形，距圆筒形，长约1.3厘米，蜜腺体约占距长的2/3，末端稍膨大。
下花瓣长约1厘米，边缘反折，顶端近圆形，具鸡冠状突起。
内花瓣长约9毫米，具粗厚的鸡冠状突起，爪约与瓣片等长。
柱头四方形，顶端2裂，具2乳突，侧面具2对并生乳突。
蒴果卵圆形，约长1厘米，宽4毫米，自果梗顶端下弯并埋藏于苞片中。