短腺黄堇，直立草本，高20-40厘米。
主根细长，粗1.5-2毫米，具纤维状的长侧根。
茎自基部具多数分枝，多叶。
基生叶早枯，叶柄长4-5厘米，基部具狭鞘，叶片二回三出全裂，第一回全裂片具较长柄，第二回无柄，裂片倒卵形至倒披针形，先端2-3浅裂或全缘，两面均具白粉；
茎生叶于整个茎上疏离互生，下部叶柄长4-5厘米，上部者较短，均具狭鞘，叶片同基生叶。
总状花序生于茎和分枝先端，长5-10厘米，有8-13花，排列稀疏，侧生花序较短和较少花；
苞片下部者同上部茎生叶，向上裂片渐少和小，至上部者5-3深裂，最上部者长圆状披针形全缘；
花梗纤细，远比苞片长，果时达2.5厘米。
萼片鳞片状，不规则的条裂，白色，晚落；
花瓣黄色，上花瓣长8-12毫米，花瓣片舟状宽卵形，先端急尖，具钝尖头，鸡冠高约0.5毫米，自瓣片先端延伸至距中部，距圆筒形，略渐狭，比花瓣片长，稍向上弯曲，下花瓣长5-6毫米，先端急尖，具钝尖头，鸡冠状突起矮，中部缢缩，下部呈囊状，内花瓣提琴形，长约4.5毫米，花瓣片长圆形，先端圆，紫黑色，侧边具1囊，爪线形，比花瓣片长；
雄蕊束长约3毫米，蜜腺体极短和粗，长0.5-1毫米，贯穿距的1/6-1/5;子房狭椭圆形，长约1.5毫米，具少数胚珠，花柱与子房近等长，柱头2裂，上端具4个有柄乳突。
蒴果狭倒卵形，长5-6毫米，粗约2毫米，有4-10枚种子，通常排成2列，成熟时自果梗基部反折。
种子近圆形，直径1-1.2毫米，黑色，具光泽。
花果期7-9月。
