帕米尔黄堇，多年生丛生草本，高20-30厘米。
主根具粗大的根茎而形大的丛生植株；
根茎密被叶柄残基。
茎具叶，上部多分枝。
基生叶多数，密集，苍白色，多少具白粉，厚而多少皱缩，具斑点状突起，与芸香叶相似，长约10-15厘米，叶相稍短于叶片，基部增厚，鞘状宽展，叶片长圆形，约长6-7厘米，宽1.5-2厘米，一回羽状全裂，羽片5-7（-9）枚，近无柄，3-5深裂至全裂，裂片长圆形至倒卵形，长5-7毫米，宽4-5毫米，全缘至2-3浅裂，末回裂片近具短尖。
茎生叶1-2枚，较退化，生于茎的中部至下部，叶柄极短，叶片具3-5枚较小的2-3浅裂的羽片。
顶生花序长8-10厘米，多具二级和三级分枝而形成复合圆锥花序。
二级花枝基部具1枚苞片，三级花枝近伞形状发出，基部常具数枚苞片，呈总苞状，常伴生有单花。
腋生花序较小，具2-3花，稀具5-7花，密集成伞形。
苞片卵圆形至披针形，边缘近膜质，长3-4毫米，渐尖。
花梗长5-20毫米。
花黄色，平展。
萼片膜质，狭卵圆形，近基部着生，基部歪斜，长3-4毫米，宽约1.5毫米，渐尖，边缘多少具齿。
外花瓣顶端盔状，具短尖，无鸡冠状突起。
上花瓣长（1.3-）1.4-1.5厘米；
距长约4毫米，末端圆钝，下弯；
蜜腺体近伸达距基部，末端下弯，下花瓣长约1厘米，向后渐狭。
内花瓣长约9毫米，顶端下凹，爪稍短于瓣片。
子房线形，具1列胚珠；
柱头近四方形，边缘不等大指状乳突，顶生2枚最明显，下部近花柱部具2对并生的小乳突。