小花紫堇，无毛草本，高40-50厘米。
须根多数成簇，近棒状肉质增粗，长1.5-3厘米，具柄，表面黄色，干时近黑色，里面自色。
茎3-4条，上部具分枝，下部裸露，基部线形。
基生叶少数，叶柄长3-8厘米，叶片轮廓宽卵至三角形，长2-3厘米，宽约2.5厘米，兰回三出分裂，第一回裂片具较长柄，第二回裂片具短柄，深裂至浅裂，小裂片倒披针形或披针形，先端圆；
茎生叶2-礴枚，生于茎上部，有时也生于下部，下部叶具长柄，上部叶近无柄，叶片同基生叶。
总状花序生于茎和分枝先端，长4-7厘米，密集多花；
苞片下部者同上部茎生叶，上部者羽状分裂，最上部者全缘；
花梗纤细，比苞片长2倍多。
萼片鳞片状，早落；
花瓣蓝色，上花瓣长约1厘米，花瓣片卵形，背部具鸡冠状突起，距圆筒形，长3-4毫米，下花瓣长约7毫米，花瓣片近圆形，直径约4毫米，具短尖，爪楔形，长约3毫米，内花瓣提琴形，长约6毫米，花瓣片先端圆，具1侧生囊，基部1耳垂，爪稍长于花瓣片；
雄蕊束长约5毫米，花丝披针形，花药长圆形，蜜腺体贯穿距的1/3；
子房狭椭圆形，长3-4毫米，具2列胚珠，花柱长2-3毫米，先端弯曲，柱头双卵形，上端具2乳突。
蒴果狭椭圆形，长约1厘米，粗约2毫米，成熟时自果梗先端反折。
种子肾状圆形，直径约1毫米，黑色，具光泽。
花果期6-8月。
