土元胡，瘦弱多年生草本，高9-20厘米。
块茎球形，直径约6-8毫米。
茎纤细，基部以上具1鳞片，鳞片腋内常具1-3分枝，叶生于鳞片以上，有时少数生于鳞片腋内，下部的茎生叶腋常具退化的腋生小叶。
叶二回三出，具长的叶柄和小叶柄，小叶椭圆形，全缘，有时深裂成倒卵形的裂片，下部苍白色，约长8-14毫米，宽4-12毫米。
总状花序具1-3花，疏离。
苞片卵圆形至卵状披针形，长4-6毫米，宽2-3毫米。
花梗纤细，长7-15毫米。
萼片小，早落。
花白色。
上花瓣长1-1.2厘米，瓣片宽展，顶端微凹；
距圆筒形，弧形上弯，长5-7毫米；
蜜腺体约贯穿距长的1/3至1/2，末端钝。
下花瓣长约6毫米,顶端微凹，基部具下延的小囊状突起。
内花瓣长约4毫米，顶端带紫红色。
柱头头状，周边乳突不明显。
蒴果卵圆形，包括喙和柱头在内长约1.2厘米，宽3-4毫米，具5-9种子，2列。
种子具钝的圆锥状突起，与小花黄堇C. racemosa 的相似。
