异齿紫堇，灰绿色直立草本，高10-25厘米。
根茎粗短，具成束的簇生须根。
茎自基部分枝，具叶。
叶具长柄；
叶柄基部具鞘；
叶片二回三出，小叶具短柄，常具大小不等的粗齿，上面绿色，下面苍白色。
总状花序具3-10花，密集而小，果期伸长，苞片也随之增大。
苞片常长于花梗，下部的具柄，三深裂，具粗齿，上部的近匙形，多裂至全缘。
花梗长3-6毫米，果期长10-30毫米。
萼片小，具齿。
花淡粉红色，平展。
外花瓣顶端微凹，稍后具三角形鸡冠状突起。
上花瓣长1.2-1.3厘米，距圆筒形，较纤细，约与瓣片等长或稍短；
蜜腺体短，约占距长的1/3。
下花瓣瓣片具圆齿，向后渐变狭，近基部具小距或小囊状突起。
柱头扁四方形，基部下延，顶端具4乳突，两侧具2对双生乳突。
蒴果倒卵圆形，约长9-1.2毫米，宽3-4毫米，具6-12种子和非常短的花柱。
种子大，黑色，种阜极小。
