异果黄堇，多年生草本，高40-60厘米，具主根。
茎粗壮，直径6-8毫米，具叶，分枝，枝条常腋生。
茎生叶具长柄，叶片卵圆状三角形，约长10-20厘米，宽7-8厘米，二回羽状全裂，一回羽片约5对，具短柄，二回羽片3-5枚，近无柄，约长1.5-2厘米，宽1-1.5厘米，三深裂至羽状分裂。
总状花序生茎和枝顶端，长5-10厘米，疏具多花和较长的花序轴。
苞片披针形，长约7毫米。
花梗长约4毫米，果期长约6毫米，下弯。
花黄色，背部带淡棕色。
萼片卵圆形，长约1毫米，具短尖，近全缘。
外花瓣顶端圆钝，具短尖，无鸡冠状突起。
上花瓣长约2厘米；
距约占花瓣全长的1/3，末端圆饨，稍下弯；
蜜腺体约占距长的2/3, 末端钩状弯曲。
下花瓣长约1.2厘米。
内花瓣长约1.1厘米，瓣片基部明显具耳状突起；
爪约与瓣片等长。
柱头2叉状分裂，各枝顶端具3乳突。
蒴果长圆形，长约2-2.5厘米，宽约4毫米，多少不规则弯曲，果瓣较厚，具2列种子，有时伴生较狭的具1列种子的果实，种子间的果瓣常呈不规则蜂腰状变细。
种子小，表面具刺状突起，具帽状的种阜。
