新疆元胡，多年生草本，上升至直立，高（6-）10-25厘米。
块茎圆球形，直径1-2.5厘米。
茎基部以上具1枚鳞片，腋内常具几条分枝，形成本种较特殊的外观，鳞片上部具2-3叶。
叶苍白色，较薄，叶柄约与叶片等长，叶片二回三出，一回小叶有时5枚，二回小叶3枚，具短柄，三裂至三深裂，有时掌状4-5裂，裂片全缘，卵圆形至披针形，约长4-5毫米，宽2-3毫米。
总状花序明显高出叶，疏具5-12（-22）花。
苞片全缘，菱状卵圆形至披针形，约与花梗等长或稍短。
花梗纤细，长5-15毫米（栽培条件下可长达25毫米）。
花近平展，紫红色，粉红色至白色，龙骨状突起部位暗紫红色至淡绿色。
萼片小。
外花瓣较宽展，顶端微凹。
上花瓣长2-2.5厘米；
距长1-1.4 (-1.7)厘米，渐狭，稍上弯；
蜜腺体短，长1-1.5毫米，末端钝。
下花瓣具宽展的瓣片和较短的爪，具浅囊。
内花瓣长7-9毫米，具较宽的苍白色鸡冠状突起。
柱头近圆形，具8乳突。
蒴果披针形，长1.1-1.7厘米，宽3-4毫米。
种子直径1.7-2毫米，种阜带状，狭而长，基部呈不均匀的淡棕色。
