天山囊果紫堇，苍白色多年生草本，肉质，高10-20厘米。
主根分枝或不分枝，有时基部呈纤维状，根冠具暗棕色膜质叶鞘。
茎通常短于基生叶，长10-15厘米，基部较细，稍弯曲，上部具1-3退化叶。
基生叶少数，长10-20厘米；
叶柄约与叶片等长，有时较长或较短，基部明显鞘状宽展；
叶片苍白色，肉质，二回羽状全裂；
一回羽片互生，无柄，栉齿状深裂；
裂片具粗齿或缺刻；
粗齿卵圆形，钝或具小尖。
茎生叶退化，与基生叶一回羽片相似，羽状分裂，不高出花序。
总状花序短，头状。
下部苞片草质，楔形，具缺刻，上部的近膜质，长圆形或披针形，全缘，全部稍长于花梗。
萼片干膜质，长2-3毫米，具缺刻状齿。
花苍白色，具蓝紫色斑点。
上花瓣长约2厘米，具短尖，无鸡冠状突起；
距约与瓣片等长或稍长，末端圆钝，稍下弯。
柱头近圆形，具9乳突。
蒴果直立，圆球形或卵圆状球形，膨大，直径约2-3.5厘米，果壁干膜质，常具蓝紫色网脉。
种子棕色，具棱，长约2毫米；
种阜小，帽状，干膜质，贴生，具流苏状齿。