籽纹紫堇，无毛草本，高20-40厘米。
须根纤维状，干时黄褐色；
根茎匍匐，增粗，具老叶柄基的残余。
茎2-5，不分枝或上部具少数分枝，生多数叶。
基生叶数枚，叶柄长6-15厘米，基部具鞘，叶片轮廓三角形，二回羽状分裂，第一回全裂片2-3对，对生，疏离，下部裂片具柄，3全裂，裂片和上部全裂片具短柄或近无柄，卵形，边缘大圆齿状浅裂，先端圆，表面绿色，背面具白粉，叶脉纤细，在背面微突起；
茎生叶多数，疏离互生，均具柄，下部者与基生叶相同，向上渐小和裂片渐减。
总状花序顶生，长2-3厘米，有8-10花，密集；
苞片下部者卵形或倒卵形，上端不规则的浅圆裂，上部者倒卵形至倒披针形全缘，均具与苞片等长的细柄，柄基部有2耳状鞘；
花梗比苞片短。
萼片早落；
花瓣紫色或白色先端紫色，上花瓣长2-2.5厘米，花瓣片舟状椭圆形，先端具短尖，背部近先端具短而矮的鸡冠状突起，距圆筒形，与花瓣片近等长，末端圆，略弯曲，下花瓣匙形，长1.2-1.4厘米，鸡冠同上瓣，内花瓣长1.1-1.2厘米，花瓣片倒卵状长圆形，长4-5毫米，具1侧生囊，爪长于花瓣片；
雄蕊束长1.1-1.2厘米，花药长圆形，花丝披针形，蜜腺体贯穿距的1/3-2/5；
子房线形，长约6毫米，胚珠2列，花柱细，长约5毫米，柱头双卵形，具10个乳突。
蒴果狭圆柱形，长约2.3厘米，粗约2毫米，近念珠状，具数枚种子。
种子长圆形，长约1.5毫米，黑色，表面密具乳突和不规则的条纹。
花果期3-4月。
