独龙江紫堇，多年生草本，高20-50厘米。
主根纤细，长达9厘米，粗1-1.5毫米，具少数侧根和纤维状细根；
根茎短，具宿存、增厚的叶残基。
茎柔弱，折曲，上部具少数分枝，无毛。
基生叶少数，具长柄，花期枯萎；
茎生叶数枚，硫离，互生，叶柄下部者长达5厘米，向上渐短，基部扩大成卵形的宽鞘，每叶腋内都有珠芽发育，叶片轮廓宽三角形，下部者长3-4厘米，二回三出分裂，第一回全裂片具柄，宽卵形至近圆形，3全裂、深裂或浅裂．第二回裂片无柄，边缘不规则的浅圆裂，表面绿色，背面具白粉，叶脉极细，上部叶裂片渐减和叶柄较短。
总状花序顶生，长2-3厘米，有2-4花；
苞片轮廓近圆形至宽倒卵形，不规则的深裂或浅裂，或最上部1枚狭倒卵形全缘；
花梗细弱，比苞片长2-3倍。
萼片小，鳞片状，近圆形，边缘呈不规则的撕裂状；
花瓣黄色，上花瓣长2.2-2.5厘米，花瓣片舟状卵形，先端钝，具短尖，背部鸡冠状突起高约1毫米，在花瓣片中部消失，距圆筒形，稍长于花瓣片，略向上弯曲，末端圆，下花瓣匙形，长1.2-1.5厘米，背部鸡冠状突起高约1毫米，边缘具细齿，爪长为花瓣片的1.5-2倍，内花瓣提琴形，长1.1-1.3厘米，花瓣片倒卵形，先端圆，具钝尖头，基部1耳垂，侧边具1囊，爪狭楔形，比花瓣片长；
雄蕊束长1-1.2厘米，花药小，花丝狭披针形，蜜腺体贯穿距的1/3；
子房狭圆柱形，长0.7-0.8厘米，胚珠数枚，排成1列，花柱比子房短，柱头双卵形，具8个乳突。
蒴果狭圆柱形，长约2.5厘米。
种子近圆形，直径1-1.5毫米，黑色，极光亮。
花果期4-7月。
