南黄堇，多年生草本，高20-60（-100）厘米。
须根数条，粗线形，长8-10厘米，粗1-1.5毫米，黄色，干时茶褐色；
根茎短，被残枯的基生叶鞘。
茎1-4，直立，脆嫩，易折断，具翅状的棱，常带紫色，不分枝或具分枝。
基生叶少数，叶柄长9-22厘米，微红色，叶片轮廓宽三角形，三回三出全裂，第一回全裂片具长柄，第二回全裂片具短柄，小裂片倒卵形、卵形、近圆形或宽椭圆形，长1-2厘米，宽0.7-1.2厘米，先端圆或钝，具短尖，全缘，背面具白粉，均有小叶柄，稀无柄；
茎生叶数枚，下部叶具长柄．上部叶具短柄，叶柄基部扩大成狭鞘，其他同基生叶。
总状花序顶生，长3-12厘米，有8-20花，排列稀疏；
苞片长圆形、狭卵形至披针形，长2-5毫米，全缘；
花梗纤细，稍长于苞片。
萼片鳞片状，近半圆形．边缘具缺刻状齿；
花瓣黄色，上花瓣长1.8-2.5厘米，平伸，花瓣片舟状卵形，先端具短尖，背部鸡冠状突起极矮或无，距圆筒形，纤细，占上花瓣长的2/3，下花瓣舟状长圆形，长0.8-1厘米，鸡冠极矮或无，基部有时具小浅囊，内花瓣提琴形，长0.7-0.9厘米，花瓣片倒卵状长圆形，具1侧生囊，基部有钩状耳，爪狭楔形，略长于花瓣片；
雄蕊束长0.6-0.8厘米，花药黄色，花丝下部披针形，上部1/3线形，白色，蜜腺体贯穿距的3/4-4/5；
子房狭圆柱形，淡绿色，长0.4-0.5厘米，具1列胚珠，花柱线形，先端弯曲，短于子房，柱头近扁长方形，具8个乳突。
蒴果圆柱形，长0.8-1.5厘米，粗约2毫米，有6-11枚种子。
种子近肾形，长约1.5毫米，黑色，具光泽。
花果期4-10月。
