皱波黄堇，多年生草本，高20-50厘米。
主根长，具少数纤维状分枝。
茎直立，自基部具多数开展的分枝，上部分枝较少。
基生叶数枚，通常早枯，具长柄，叶片轮廓卵形，三回三出分裂，第一回裂片顶生者具较长柄，侧生者具较短柄，第二回裂片无柄，小裂片背面通常不平滑或沿背脉被小刺毛；
茎生叶多数，叶柄下部者较长，向上渐短，叶片轮廓长卵形，长3.8-5厘米，三出分裂，小裂片卵形至披针形，长6-8毫米，其他同基生叶。
总状花序生于茎和分枝顶端，长4-6厘米，多花密集；
苞片最下部者羽状分裂，下部者3裂，中部以上为狭倒披针形至线形全缘；
花梗纤细，比苞片长。
萼片鳞片状，边缘具缺刻；
花瓣黄色，上花瓣长1-1.3厘米，花瓣片舟状卵形，背部鸡冠状突起高1-1.5毫米，超出瓣片先端并延伸至距中部，其边缘有时具浅波状齿，距圆筒形，略渐狭，向上弧曲，与花瓣片近等长，下花瓣舟状卵形，长8-9毫米，内花瓣提琴形，长7-8毫米，花瓣片倒卵形，具1侧生囊，爪狭楔形，略短于花瓣片；
雄蕊束长约6毫米，花药极小，花丝披针形，蜜腺体贯穿距的3/4；
子房狭椭圆形，长约2毫米，通常具粗糙的棱，胚珠少数，花柱纤细，比子房长，柱头扁长方形，上端具4-6个具柄乳突。
蒴果圆柱形，长5-7毫米，粗约2毫米，果棱常粗糙，有1-3枚种子。
种子近圆形，直径约1.5毫米，黑色，具光泽。
花果期6-10月。
