日本金腰，多年生草本，高8.5-15.5厘米，丛生；
茎基具珠芽。
茎疏生柔毛。
基生叶肾形，长0.6-1.6厘米，宽0.9-2.5厘米，边缘约具15浅齿（齿先端微凹），基部心形或肾形，腹面疏生柔毛，背面近无毛，叶柄长1.5-8厘米，疏生柔毛；
茎生叶与基生叶同形，长约1.1厘米，宽约1.3厘米，边缘约具11浅齿，腹面疏生柔毛，背面近无毛，叶柄长约2厘米，疏生柔毛。
聚伞花序长1.5-4厘米；
花序分枝疏生柔毛；
苞叶阔卵形至近扇形，长5-12毫米，宽5-14毫米，边缘具3-9浅齿，基部宽楔形，无毛，柄长0.5-6毫米，疏生柔毛；
几无花梗；
花密集，绿色，直径约3毫米；
萼片在花期直立，阔卵形，长0.6-1.4毫米，宽1-1.4毫米，先端钝或急尖，无毛；
雄蕊通常4，稀8或2，长0.3-0.4毫米；
子房近下位，花柱长0.2-0.3毫米；
花盘通常4裂。
蒴果长4-5毫米，先端近平截而微凹，2果瓣近等大而水平状叉开，喙长约0.2毫米；
种子黑棕色，椭球形，长0.6-0.7毫米，被微柔毛。
花果期3-6月。
