毛堇菜植株较健壮，根状茎粗长；叶形较大，先端渐尖，两面常有白色短毛，托叶深褐色；萼的附属物伸长，末端具圆齿；柱头顶端两侧有较宽的缘边。
花期4-6月，果期7-8月。
花瓣长圆状倒卵形，长约1.5厘米，侧方花瓣里面无须毛，下方花瓣较短，里面有紫堇色条纹，具短距。
托叶干膜质，深褐色，披针形或宽披针形，长1-1.5厘米，边缘具长流苏状齿，无毛。