小齿堇菜，多年生草本，茎平卧或斜升，高5-15厘米。
根状茎垂直，较坚硬，密被残存的托叶和叶柄；
叶片心形或宽卵形，长1.5-2厘米，宽约1厘米，先端急尖，基部宽心形，边缘具浅波状细齿，上面被短柔毛，下面无毛；
叶柄长2-4厘米；
托叶褐色，基部与叶柄合生，离生部分狭披针形，边缘具流苏。
花小，淡紫色或带白色；
花梗细长，无毛，远高出叶，上部有2枚对生的小苞片；
萼片卵状披针形，先端急尖，基部附属物较狭，有褐色腺点；
侧方花瓣里面基部有乳突状毛，下方花瓣具较粗的距；
距长2-2.5毫米，平直；
花药浅绿色，药隔褐色，药隔顶部附属物三角形，先端稍尖；
花柱细，基部不膝曲，散生棕色线条，顶部有乳突毛，前方具略弯曲的短喙。
蒴果无毛，有褐色腺点。
花期5-6月，果期6-7月。
