蒙古堇菜，多年生草本，无地上茎，高5-9厘米，果期高可达17厘米，花期通常宿存去年残叶。
根状茎稍粗壮，垂直或斜生，长1-4厘米或更长，生多条白色细根。
叶数枚，基生；
叶片卵状心形、心形或椭圆状心形，长1.5-3厘米，宽1-2厘米，果期叶片较大，长2.5-6厘米，宽2-5厘米，先端钝或急尖，基部浅心形或心形，边缘具钝锯齿，两面疏生短柔毛，下面有时几无毛；
叶柄具狭翅，长2-7厘米，无毛；
托叶1/2与叶柄合生，离生部分狭披针形，边缘疏生细齿。
花白色；
花梗细，通常高出于叶，无毛，近中部有2枚线形小苞片；
萼片椭圆状披针形或狭长圆形，先端钝或尖，基部附属物长2-2.5毫米，末端浅齿裂，具缘毛；
侧方花瓣里面近基部稍有须毛，下方花瓣连距长1.5-2厘米，中下部有时具紫色条纹，距管状，长6-7毫米，稍向上弯，末端钝圆；
子房无毛，花柱基部稍向前膝曲，向上渐增粗，柱头两侧及后方具较宽的缘边，前方具短喙，喙端具微上向的柱头孔。
蒴果卵形，长6-8毫米，无毛。
花果期5-8月。
