奇异堇菜，多年生草本，在花期以前或开花初期无地上茎，以后逐渐抽出地上茎，高6-23厘米。
根状茎斜升或直立，长可达4厘米，粗0.3-0.7厘米，具明显的结节，上部多分歧，密被褐色或赤褐色残存的鳞片状托叶；
根多条，褐色，干后较坚硬。
茎直立，被柔毛或无毛，中部通常仅1枚叶片，上部密生叶片。
叶片宽心形或肾形，长3-5厘米，宽4-6厘米，先端圆或具短尖，基部为开展的心形，边缘具浅圆齿，上面两侧被柔毛；
在花期两侧常内卷，下面沿叶脉被柔毛；
基生叶叶柄较长，长5-15厘米，被柔毛或无毛，具狭翅，茎生叶的叶柄长短不等，中部者长约8厘米，上部者极短或几无柄；
托叶大，基部者鳞片状，卵形，长约1厘米，宽约0.5厘米，赤褐色，顶端钝或微渐尖，上部者宽披针形，长0.8-1.7厘米，宽0.3-0.5厘米，淡褐色，全缘，无毛，茎生叶者披针形，边缘通常被缘毛。
花较大，淡紫色或紫堇色，生于基生叶叶腋者通常不结实，有长达10厘米的长梗，梗上部（通常在花下1-1.5厘米处）有2枚线形小苞片，生于茎生叶叶腋之花能结实，具短梗，梗的中下部具小苞片；
萼片长圆状披针形、卵状披针形或披针形，长7-16毫米，宽2-4毫米，先端锐尖，基部附属物长约2毫米，末端钝圆，边缘被缘毛或近无毛，具3脉，通常外面3片较里面2片显著长且宽；
花瓣倒卵形，侧瓣里面近基部密生长须毛，下瓣连距长达2厘米；
距较粗，长约5毫米，通常向上弯，稀直，末端钝；
子房无毛，花柱基部近直立或微向前曲，上部稍增粗，顶端微弯具短喙，无乳头状凸起，喙端微向上吸，柱头孔较狭。
蒴果椭圆形，无毛，长1-1.4厘米。
花果期5-8月。
