巫山堇菜，多年生草本，高达30-40厘米。
根状茎斜生或垂直，长达7厘米，粗约2-4毫米，节间长1-2厘米，密生多数细长的支根。
地上茎单一或数条，直立，平滑无毛，基部无叶，中下部叶较稀疏，顶部叶密集。
叶片卵形或卵状披针形，长3.5-8厘米，宽2-4厘米，基部浅心形或圆形，稍下延，先端长渐尖，边缘具向内弯曲的钝锯齿，上面绿色，两面散生短柔毛或近无毛；
叶柄长1-8厘米，茎中、下部叶的叶柄较长，通常稍长于叶片，或与叶片近等长，顶部叶的叶柄明显短于叶片；
托叶绿色，卵形，长约5-7毫米，先端渐尖，边缘具流苏状齿。
花淡紫堇色，生于顶部叶的叶腋；
花梗细弱，远较叶为短，上部具2枚近对生的钻状小苞片；
萼片狭条形，长约4毫米，宽约0.7毫米，先端稍尖，边缘狭膜质，基部附属物极短，末端截形；
花瓣长圆状倒卵形，上方花瓣长约10-12毫米，宽约4毫米，侧方花瓣长约11毫米，宽约3毫米，里面基部无须毛，下方花瓣连距长约9毫米；
距浅囊状，长2-3毫米，粗约2.5毫米；
花药长约2毫米，药隔顶端附属物长约2毫米，下方雄蕊之距短角状，长约2毫米，粗约2毫米；
子房卵球形，无毛 (但原始记载有长柔毛) ，花柱棍棒状，基部向前方稍膝曲，柱头两侧及后方具稍肥厚的缘边，前方具近直立的短喙，喙端具圆形的柱头孔。
花期3-5月。