紫斑蝴蝶草的花冠为黄色，长1.5-1.8厘米。上唇长约4毫米，宽约5毫米，浅裂或微凹；下唇三裂片彼此近于相等，长约3毫米，宽约3.5毫米，先端钝圆，两侧裂片先端为蓝色，中裂片先端为橙黄色。
黄色
紫斑蝴蝶草的萼片为倒卵状纺锤形，长约1.2厘米，宽5-7毫米，果期长达1.8厘米，宽8毫米，具5翅，翅宽彼此不等，其中有2枚较宽，可达2毫米，翅上被缘毛。
紫斑蝴蝶草的叶片宽卵形至卵状三角形，长3-5厘米，宽2.5-4厘米，上面疏被白色柔毛，下面以脉上较多，边缘具三角状急尖的粗锯齿，先端略尖，基部突然收狭成宽楔形。