云南蝇子草，多年生草本。
根簇生，长圆柱形。
茎俯仰，长20-80厘米，多分枝，被粗毛。
叶片披针形，长3-7厘米，宽6-15毫米，基部圆形，稀宽楔形，顶端渐尖，上面绿色，下面灰绿色，密被短毛，具3基出脉。
二歧聚伞花序，有时团伞状；
花直立，直径约20毫米；
花梗长5-15毫米，密被短毛；
苞片披针形，草质，被柔毛；
花萼筒状棒形，长约15毫米，直径约3.5毫米，纵脉带紫色，沿脉密被刺状毛，萼齿三角状披针形，顶端渐尖，边缘膜质，具缘毛；
雌雄蕊柄无毛，长约1.5毫米；
花瓣淡红色至白色，长20-25毫米，爪倒披针形，微露出花萼，无毛，瓣片轮廓宽倒卵形，深2裂达瓣片的中部，裂片倒卵形，瓣片两侧下部各具1线形小裂片；
副花冠片椭圆形，全缘；
雄蕊外露，花丝无毛；
花柱外露。
蒴果狭卵形，长10-12毫米，比宿存萼短；
种子肾形，侧面耳状凹，长约1毫米，暗褐色，脊圆。
花期6-7月，果期7-9月。
