暗色蝇子草，多年生草本，高 (15-) 25-40 (-50) 厘米。
根垂直，粗壮，木质，灰褐色；
根颈多分枝，稍木质，具匍匐茎。
茎疏丛生，不分枝，坚挺，黄绿色，顶端多少变黑色，下部无毛，上部被粗毛和黑色腺毛。
基生叶叶片倒披针形或线状倒披针形，长4-10厘米，宽6-10毫米，顶端钝或急尖，基部渐狭呈柄状；
茎生叶1-4对，叶片狭椭圆形，比基生叶小，基部近无柄，微鞘状，两面无毛，边缘和背面沿脉具毛，中脉明显；
较上部茎生叶叶片狭披针形，有时退化，被粗毛状腺毛。
花单生，有时2-3朵，俯垂，后期直立；
花梗与花萼近等长，后期伸长，具粘液和柔毛；
花萼球状钟形，呈囊状，长18-22毫米，宽12-15毫米，膜质，口微收缩，后张开，被稀疏粗毛状腺毛，纵脉10，变黑紫色，沿脉被褐紫色腺毛，脉端在萼齿处连结，萼齿三角形，急尖，边缘具缘毛；
雌雄蕊柄长2-3毫米，被长柔毛；
花瓣露出花萼1-3毫米，爪楔形，长14-16毫米，具狭耳，瓣片黑紫色，微凹或浅2裂，裂片全缘或具细圆齿，稀瓣片两侧基部各具1不明显的齿，副花冠片小，楔形，顶端具不明显齿；
雄蕊内藏；
花柱5。
蒴果圆球形，长12-15毫米、宽10-14毫米，5齿裂；
种子肾形，肥厚，长1.4毫米，压扁，深褐色，脊圆，具棘凸。
花期6-7月。