剑门蝇子草，多年生草本，高15-20厘米。
茎丛生，纤细，近直立，不分枝。
基生叶叶片线形，长5-7厘米，宽1-1.5 (-2) 毫米，基部渐狭，顶端渐尖，边缘近基部具缘毛，两面无毛，中脉明显；
茎生叶少数，线形。
花单生或2-3朵，直立，直径约20毫米；
花梗细，长15-20毫米，无毛；
苞片线形或线状披针形，长10-20毫米；
花萼长筒形，长20-25毫米，直径2.5-3毫米，无毛，基部脐形，常呈绿紫色或紫色，后期上部微膨大，纵脉不明显，脉端微连结，萼齿三角状披针形，长3-7毫米，顶端渐尖，边缘膜质，具缘毛；
雌雄蕊柄无毛，长8-12毫米；
花瓣长20-25毫米，爪露出花萼2-3毫米，倒披针形，无毛，无耳，瓣片轮廓倒心形，长6-8毫米，有时浅2裂；
副花冠片披针形，长约1毫米，全缘或具不明显的齿；
雄蕊微外露，花丝无毛；
花柱微外露。
蒴果狭椭圆形，长约10毫米，比宿存萼短或近等长；
种子肾形，长约1.2毫米，红褐色，脊具3行棘凸。
花期6月，果期7月。