黑花蝇子草，多年生草本，高达30厘米。
根长圆柱状。
茎疏丛生，上升，不分枝，上部被短柔毛和腺毛。
基生叶叶片狭倒披针形，长8-12厘米，宽5-7毫米，基部渐狭成长柄状，顶端急尖，两面无毛，边缘具缘毛，中脉明显；
上部茎生叶小，叶片披针形。
聚伞花序常具数花；
花微俯垂；
花梗长1-3厘米，被腺毛；
苞片小，草质；
花萼钟形，长12-14毫米，直径3.5-5毫米，带紫色，纵脉紫色，脉端连结，沿脉被腺毛，萼齿三角状卵形，顶端具芒尖；
雌雄蕊柄长约2毫米；
花瓣暗紫色，长15-18毫米，1/3露出花萼，爪倒卵状匙形，无毛，具圆耳，耳缘啮蚀状，瓣片轮廓宽倒卵形，深4裂，中裂片宽条形，顶端截形，有时具齿，侧裂片线形，外展；
副花冠片近方形，具缺刻状齿；
雄蕊不外露，花丝无毛；
花柱内藏。
蒴果卵形，长8-10毫米；
种子未见。
花期8月。
