长冠鼠尾草的花萼钟状筒形或筒形，开花时长5-8毫米，外面在脉上被具腺短柔毛，疏生浅黄色腺点，内面无硬毛环，在上半部被微硬伏毛，二唇形。
紫蓝色、白色
长冠鼠尾草的花冠颜色有红色、淡紫色、紫红色、紫色至紫蓝色，稀为白色。
长冠鼠尾草的别名有紫参（滇南本草）、丹参（云南大理）、劲枝丹参（植物名实图考）、串皮猫药（贵州罗甸）、野藿香（贵州贵阳）、活血草、散血草（四川青川）、山胡椒（广西隆林）。