南川鼠尾草的花萼筒形，长5-7毫米，深紫色，二唇形，上唇三角形，下唇比上唇长，花期花萼长6-8毫米。
南川鼠尾草的茎直立，高20-65厘米，单生或少数丛生，不分枝，钝四稜形，具沟，密被平展白色长绵毛。
南川鼠尾草的花冠紫红色，长0.9-3厘米，长筒形，二唇形，上唇长圆形，下唇三裂。
南川鼠尾草是一种一年生或二年生草本植物。