蕨叶变种（var. pteridifolia）与原变种不同在于叶为3-4回羽状复叶，顶生小叶或小裂片均为线形。
南川鼠尾草的茎直立，高20-65厘米，单生或少数丛生，不分枝，钝四稜形，具沟，密被平展白色长绵毛。
南川鼠尾草的根肥厚，狭锥形，长2-6（15）厘米，径3-4毫米。
南川鼠尾草的花序为轮伞花序，2-6花，组成顶生或腋生长6-15厘米的总状花序，植株上部往往组成长达25厘米的总状圆锥花序。