洱源鼠尾草，多年生草本；
根茎稍粗，密被残存的叶鞘，其下有径约3毫米扭曲状条状根。
茎直立，高23-28厘米，钝四稜形，具四槽，密被具节疏柔毛。
叶片椭圆状卵圆形，长 (2.5)3-6厘米，宽1.5-4.5厘米，先端圆形，基部近截形或浅心形，边缘具浅圆齿，纸质，上面被疏柔毛，下面沿脉网被疏柔毛，余部满布红褐色腺点，脉网在上面下陷下面隆起；
叶柄长0.5-12厘米，基出叶叶柄最长，茎生叶叶柄变短，与茎被同一式毛被。
轮伞花序6花，组成顶生总状花序或总状圆锥花序；
苞片长圆状椭圆形，先端具短尖头，基部渐狭，比花萼短，上面近无毛，下面被长柔毛，边缘被长缘毛；
花梗长2-3毫米，与序轴被长柔毛。
花萼钟形，长9-10毫米，外被长柔毛及腺点，内面被短硬毛，干时带黑色，二唇形，上唇半圆形，长2.5毫米，宽6毫米，5脉，下唇深2齿，齿三角形，先端短渐尖或锐尖。
花冠蓝色，长1.7-1.9厘米，冠筒长1厘米，外面在下部无毛，上半部被疏柔毛，内面在近基部1-2毫米有斜向疏柔毛毛环，直伸，腹部在基部以上渐增大，伸出萼外，冠檐二唇形，上唇伸直，长约6毫米，宽7毫米，先端浅2裂，裂片卵圆形，先端钝，下唇长约8毫米，宽9毫米，3裂，中裂片最大，近倒心形，长4毫米，宽7毫米，侧裂片卵圆形，先端急尖。
能育雄蕊伸至上唇之下，花丝长约5毫米，无毛，药隔长2-2.5毫米，弧形，上下臂近等长，中部关节处被小疏柔毛，二下臂具横生药室，药室小，先端联合；
退化雄蕊小。
花柱外伸，先端极不相等2浅裂，后裂片极短。
花盘前方膨大。
成熟小坚果未见。
花期7月。