云南大黄，矮小细瘦草本，高30-60厘米，茎基部直径3-6毫米，被短毛，下半部较短或为长乳突状毛。
基生叶1-3片，叶片肾状心形或宽心形，长5-7厘米，宽6-8.5厘米，偶稍大，顶端渐尖或长渐尖，基部心形到深心形，全缘，基出脉5条，叶上面光滑无毛，下面具短毛，多生于叶脉及叶缘；
叶柄细长，长5-8厘米，被锈色毛；
茎生叶2-3片，有时最下部一片腋部无花枝，叶片较小，近心形，叶柄亦较短；
托叶鞘长1.5-2.5厘米，干后膜质，常破裂。
圆锥花序，1-2次分枝，稀疏而稍开展，被毛，花较大，1-3(4)朵成簇，簇间排列较疏；
花梗长4-7毫米，关节位于中下部，上部被短硬毛；
花被较开展，直径5-7毫米，花被片6,紫红色，卵圆形或宽椭圆形，外轮3片稍小，长3-3.5毫米，内轮3片较大，长约4毫米，脉纹较明显，花被片外侧下部被短硬毛或长乳突毛；
雄蕊9, 不外露，花丝长1.5-2毫米，花药近球形，紫红色；
子房长椭圆形；
花盘薄。
果实紫红色，矩圆状椭圆形或卵状椭圆形，长约13毫米，宽约10毫米，翅稍宽，纵脉靠近翅的边缘。
花期7-8月，果期9-10月。
