心叶棱子芹，多年生草本，高70-150厘米。
根粗壮，直伸，暗褐色，直径1-2厘米，有浓的当归香味。
茎直立，有细条棱，无毛。
基生叶长可达30厘米，叶柄长7-8厘米，大部扩展呈鞘状抱茎，叶片通常为三出式1-2回羽状复叶，末回裂片心状卵形，长5-8厘米，宽4-6厘米，顶端多呈尾状尖，基部心形，多少偏斜，边缘有带小尖头的圆锯齿，背面淡绿色，两面沿叶脉多少生鳞片状毛；
茎上部的叶逐渐简化成3小叶。
顶生复伞形花序，直径8-10厘米；
总苞片数个，线状披针形，长2-2.5厘米，宽2.5-4毫米，有明显的膜质边缘，伞辐16-18，有细条棱，有鳞片状毛；
小总苞片6-8，与总苞片同形，长1-1.5厘米，宽1-2.5毫米；
小伞形花序有花约20，花柄长8-10毫米，萼齿不明显；
花瓣绿白色，倒心形，长约3毫米，顶端有内曲的小舌片；
花柱基肥厚，圆锥状。
果实长圆形，暗褐色，长约8毫米，宽约4毫米，果棱有狭翅，每棱槽有油管1，合生面2。
花期8月，果期8-9月。
