芳香棱子芹，多年生草本，40-80 (-100) 厘米。
根颈粗壮，径1-2厘米，粗糙，有环纹；
根圆柱形，下端渐细，长18-40厘米，径1-1.8厘米，皮灰褐色，质松，易剥落。
茎圆柱形，有纵长条棱突起，基部条棱稍粗，常带暗紫色或紫色，稍有白粉，髓部有空隙。
基生叶具长柄，叶柄长10-28厘米，基部有宽阔的叶鞘抱茎；
叶片三回羽状分裂，第一回羽片3-4对，第二回羽片3对，末回裂片卵形或倒卵形，长0.7-2.5厘米，宽0.5-1.5厘米，具1-3较大的钝锯齿，叶轴、叶缘以及下表面叶脉上均有刺状短毛；
茎生叶具柄，上部叶柄较短，一至二回羽状分裂，末回裂片形状与基生叶相似，但较狭窄。
复伞形花序顶生和侧生，顶生者直径10-28厘米，侧生花序直径6-10厘米；
总苞片6-8，形状各式，有狭长披针形，不分裂，也有卵形3裂以至羽状分裂，裂片狭长卵形或倒卵状，基部楔形，边缘具1-2粗齿或呈浅裂状，有粗短毛；
伞辐15-22，不等长，长3.5-18厘米，粗壮，顶端有短鳞片状毛；
小总苞片多数，线形，比花柄长，膜质，边缘密生短粗毛；
小伞形花序具花30-45，花柄粗，有短毛；
花瓣倒卵形，先端具内曲的小舌片，基部楔形；
无萼齿，花柱短，弯曲，花柱基圆锥形。
果实长圆形，基部稍狭小，5条果棱突起呈翅状，翅稍厚而平直；
每棱槽中具油管2-3，合生面油管6-7；
胚乳腹面稍凹入。
花期7-8月，果期8-9月。
