新疆五针松的球果直立，圆锥状卵圆形，长5-8厘米，直径3-5.5厘米，成熟后种鳞不张开或微张开，鳞盾紫褐色，宽菱形或宽三角状半圆形，上部圆，边缘锐利，微向内曲。
新疆五针松的种子为黄褐色，倒卵圆形，长约1厘米，直径5-6毫米，微具棱脊，无翅。
新疆五针松的种子可食，也可榨油，供食用。
新疆五针松的木材优良，材质轻软，结构细，有香气，耐久用，可作建筑、家具等用材。