新疆五针松的种子为黄褐色，倒卵圆形，长约1厘米，直径5-6毫米，微具棱脊，无翅。
新疆五针松适应性及耐荫性强，能在干燥砂地和排水不良的沼泽地上生长，但在土层深厚、排水良好的砂壤土或粘壤土上生长最好。
新疆五针松的树皮是淡褐色或灰褐色，枝条较密，颜色为黄色或淡褐黄色，密被淡黄色长柔毛。
新疆五针松的针叶5针一束，较粗硬，微弯曲，长度为6-11厘米，直径1.5-1.7毫米，边缘具疏生细锯齿，背面无气孔线，腹面每侧有3-5条灰白色气孔线；横切面近三角形。