新疆五针松的种子为黄褐色，倒卵圆形，长约1厘米，直径5-6毫米，微具棱脊，无翅。
新疆五针松的树皮是淡褐色或灰褐色，枝条较密，颜色为黄色或淡褐黄色，密被淡黄色长柔毛。
新疆五针松可高达35米，胸径达1.8米。
新疆五针松常与新疆落叶松混生，组成以新疆五针松为主的混交林。