新疆贝母，植株长20-40厘米。
鳞茎由2枚鳞片组成，直径1-1.5厘米。
叶通常最下面的为对生，先端不卷曲，中部至上部对生或3-5枚轮生，先端稍卷曲，下面的条形，向上逐渐变为披针形，长5.5-10厘米，宽2-9毫米。
花单朵，深紫色而有黄色小方格，具3枚先端强烈卷曲的叶状苞片；
外花被片长3.5-4.5厘米，宽1.2-1.4厘米，比内花被片稍狭而长；
蜜腺窝在背面明显凸出，几乎成直角；
雄蕊长约为花被片的一半至2/3，花药近基着，花丝无乳突；
柱头裂片长约2-3毫米。
蒴果长1.8-3厘米，宽和长相近或稍狭，棱上的翅宽4-5毫米。
花期5-6月，果期7-8月。
