小花糖芥，一年生草本，高15-50厘米；
茎直立，分枝或不分枝，有棱角，具2叉毛。
基生叶莲座状，无柄，平铺地面，叶片长 (1-) 2-4厘米，宽1-4毫米，有2-3叉毛；
叶柄长7-20毫米；
茎生叶披针形或线形，长2-6厘米，宽3-9毫米，顶端急尖，基部楔形，边缘具深波状疏齿或近全缘，两面具3叉毛。
总状花序顶生，果期长达17厘米；
萼片长圆形或线形，长2-3毫米，外面有3叉毛；
花瓣浅黄色，长圆形，长4-5毫米，顶端圆形或截形，下部具爪。
长角果圆柱形，长2-4厘米，宽约1毫米，侧扁，稍有棱，具3叉毛；
果瓣有1条不明显中脉；
花柱长约1毫米，柱头头状；
果梗粗，长4-6毫米；
种子每室1行，种子卵形，长约1毫米，淡褐色。
花期5月，果期6月。
