矮糖芥，二年或多年生草本，高达10厘米。
根茎单一，细长。
茎直立，不分枝或少有从基部分枝，具2-4叉毛。
基生叶密莲座状，叶片窄倒披针形，长20-30毫米，宽2-5毫米，边缘有波状齿，有柄或近无柄；
茎生叶常为2-3个，叶片线形，较小，全缘，无柄。
总状花序有10-20花，最下部花有时具苞片；
花黄色，直径约5毫米；
花梗长2-5毫米；
萼片长4-6毫米；
花瓣长8-10毫米；
子房有多数胚珠，花柱长约1毫米，头状，柱头近2裂。
未成熟长角果线形，近圆筒状，长约35毫米，宽约1毫米，具伏贴毛。