水马齿，一年生草本，高30-40厘米，茎纤细，多分枝。
叶互生，在茎顶常密集呈莲座状，浮于水面，倒卵形或倒卵状匙形，长4-6毫米，宽约3毫米，先端圆形或微钝，基部渐狭，两面疏生褐色细小斑点，具3脉；
茎生叶匙形或线形，长6-12毫米，宽2-5毫米；
无柄。
花单性，同株，单生叶腋，为两个小苞片所托；
雄花；
雄蕊1，花丝细长，长2-4毫米，花药心形，小，长约0.3毫米；
雌花；
子房倒卵形，长约0.5毫米，顶端圆形或微凹，花柱2，纤细。
果倒卵状椭圆形，长1-1.5毫米，仅上部边缘具翅，基部具短柄。
