藏紫堇，高山小草本，根未见。
茎高5-6厘米，基部纤细，地下部分长约3厘米。
茎生叶2枚，对生，长约1.8厘米，羽状全裂，羽片2-3对，全缘或具2裂达基部的披针形裂片。
总状花序伞房状，密具4-5花和长约2厘米的花序轴。
苞片具柄，扇形分裂成少数线状长圆形的长约10毫米的钝的裂片。
花梗花期直，长4-9毫米。
花淡蓝色。
萼片约长1.5毫米，宽1毫米，具深齿。
外花瓣具鸡冠状突起。
上花瓣长17毫米，具细瘦渐尖的轻微下弯的长约8毫米的距；
蜜腺体约贯穿距长的2/3。
下花瓣长9毫米，直，具轻微波状圆齿。
内花瓣长8毫米。
子房长圆状卵圆形，具10胚珠，2列；
花柱长约3毫米；
柱头基部圆，具4顶生乳突和2对侧生的并生乳突。