秦岭黄堇，多年生草本，高（10-）15-28厘米。
须根多数成簇，长圆形至倒卵形肉质增粗，长2-3.5厘米，粗1.5-4毫米，具纤维状细根。
茎单1，细长，不分枝或稀分枝，上部具叶，下部裸露，近基部线形。
基生叶具长柄，叶片近于5全裂或深裂至二回三出分裂，裂片椭圆形或披针形，肉质，近无柄；
茎生叶2枚，互生于茎上部，明显具柄，叶片一回奇数羽状分裂，裂片2对，下部1对常2-3深裂，小裂片宽椭圆形，长2-3厘米，宽0.8-1.5厘米，先端钝至近急尖，肉质，纵脉明显，表面灰绿色，背面白绿色。
总状花序顶生，有5-10花，先密后疏；
苞片卵状披针形至披针形，全缘；
花梗长0.6-1厘米，与苞片近等长。
萼片鳞片状，白色，膜质，边缘撕裂状，早落；
花瓣黄色，上花瓣长2-2.2厘米，花瓣片舟状卵形，先端急尖，背部具高鸡冠状突起，距圆筒形，稍向下弯曲，与花瓣片近等长，下花瓣匙形，长约1厘米，先端急尖，背部具高鸡冠状突起，爪与花瓣片近等长，内花瓣提琴形。
雄蕊束长约9毫米，花丝披针形；
子房线形。
蒴果圆柱形，长达3厘米，粗2-3毫米，具数枚种子，排成1列。
种子近圆形，直径约1.5毫米，黑色，具光泽。
花果期7-8月。
