天祝黄堇，块茎圆球形，直径约6-10毫米，不分裂或基部2裂。
茎高5-10厘米，中部以下具2-3鳞片，中部以上具2-3枚密集的叶，分枝。
叶具长柄，基部鞘状宽展，叶片较厚，肉质，苍白色，干时多少具皱缩的纹理，三出；
小叶无柄或顶生的具短柄，三深裂，裂片再三浅裂，末回裂片圆钝或近具短尖。
总状花序不高出叶，具（2-）3-4 (-5)花；
花序轴长1.5-2厘米。
苞片倒卵形至卵圆形，约长5-7 (-10)毫米，宽4-5毫米。
花梗直立，长3-6毫米。
萼片小，长约1毫米。
花黄色，近平展。
外花瓣较宽展，顶端近急尖，无鸡冠状突起。
上花瓣长约1.7厘米；
距近漏斗状，向后稍变狭，长约1-1.1厘米；
蜜腺体约与距等长，末端不增粗，常弯曲。
下花瓣长约7毫米，瓣片内侧紫黑色。
子房卵圆形，具2列胚珠；
花柱长约1.5毫米；
柱头近圆形或倒三角形，顶端微凹，具4乳突。
