甘肃紫堇，多年生直立草本，苍白色，高25-40厘米，具细瘦主根。
茎多条，具棱，自下而上具叶和分枝。
基生叶与茎生叶同形，较退化。
茎生叶长6-8厘米；
叶柄稍短于叶片至近无柄，基部鞘状；
叶片2-3回羽状全裂；
一回羽片2-3对，具短柄，互生至近对生；
二回羽片1-2对，近无柄，三深裂，裂片再2-3裂或侧生的不分裂，末回裂片长圆形，长3-5毫米，宽约2毫米，顶端圆钝，近具短尖。
总状花序多花，密集，果期渐疏离。
苞片约长于花梗2倍，下部的叶状，羽状分裂，上部的三深裂或具疏齿。
花梗长5-7毫米。
萼片鳞片状，具不规则齿，长1-1.5毫米，早落。
花粉红色或紫色，平展。
上花瓣长1.2-1.5厘米，近直，顶端稍上弯，近具短尖，鸡冠状突起高而全缘，延伸至瓣片顶端，消失在距前方；
距圆筒形，约占花瓣全长的1/3以上；
蜜腺体棒状，贯穿距长的1/2。
下花瓣瓣片较宽展，具短鸡冠状突起，近爪变狭，通常下弯；
爪向后渐宽展，在基部前方形成囊状突起，基部缢缩变狭。
内花瓣具高的鸡冠状突起；
爪倒楔形，约与瓣片等长。
雄蕊束披针形，上部狭线形。
柱头扁四方形，两侧各具4乳突，通常顶生的4乳突短柱状，较明显，侧生的不明显。
蒴果线形，约长2厘米，宽2毫米，具1列种子。
种子扁圆形；
种阜小，远离。