紫萼唇柱苣苔，多年生小草本。
根状茎长约3厘米，粗约1.2厘米。
叶均基生；
叶片干时革质，狭卵形或卵形，长2.2-4厘米，宽1.3-2厘米，顶端微钝，基部宽楔形，边缘全缘，上面疏被、下面稍密被短伏毛，脉不明显；
叶柄长6-14毫米，与花序梗均被暗紫色柔毛。
花序有2花；
花序梗长9.5-12.5厘米；
苞片暗紫色，狭卵形，长4-5毫米，宽约2毫米，外面密被紫色长柔毛，内面无毛；
花梗长7-15毫米，密被短柔毛。
花萼暗紫色，长约5毫米，五裂至基部；
裂片披针形，宽1.5-2毫米，外面密被紫色短柔毛，内面无毛。
花冠紫色，长约4厘米，外面及内面下部被短柔毛；
筒近筒状，长约3厘米，口部粗约1.2厘米；
上唇长6毫米，下唇长10毫米。
雄蕊的花丝着生于距花冠基部12毫米处，长14毫米，基部宽2毫米，向上变狭，上部宽0.3毫米，在基部之上3毫米处膝状弯曲，无毛，花药长4.5毫米，背面被长柔毛；
退化雄蕊3，侧生2枚着生于距花冠基部6毫米处，长1毫米，有少数短毛，中央1枚着生于距花冠基部4毫米处，长0.5毫米，无毛。
花盘环状，高约1.5毫米。
雌蕊长约3.2厘米，子房长约1.6厘米，宽1.7毫米，被短柔毛，花柱被疏柔毛，柱头舌状条形，长约6毫米，宽约1毫米，不分裂。
花期2月。